RaTG13為什麽是偽造的蝙蝠冠狀病毒

  • 編輯:Victor Torres
  • 作者:peacelv

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西班牙2021年1月30日電/西喜社——證據證明RaTG13是偽造的,且不存在於自然之中。沒有活的病毒和全基因組RaTG13被分離出來。

1.1 GenBank上傳的RaTG13序列是可以被偽造的。

圖1.冠狀類病毒的基因測序和基因序列組裝的步驟說明。A為正常的測序和組裝流程。B為偽造病毒基因序列可能的相關步驟,通過先創建基因序列,然後以此取得相應的原始測序片段。NGS:高通量測序,亦稱為下壹代測序。

A. 糞便試劑的機讀序列很多是真核序列,這跟絕大多數的糞便試劑樣板不壹樣。

並且在機讀出來的真核序列中30%並非來自蝙蝠,而是來自各種不同的動物,例如狐貍、果蝠、松鼠等。這樣顯示RaTG13的原始序列不是通過正常的手段如1中所指的方式獲取的。

B. 從石正麗公開發布的論文中,糞便試劑樣本是大概1ml的病毒傳遞培養基和清液,大概140ul的清液出產出60ul的RNA,每壹次的RT-PCR反應需要大概5ulRNA,因此1ml可以進行(1000/140)*60/5=86,也就是起碼可以有80次的反應。

這樣的數量是有效的支持測序以及另外的PCR填充的。因此也同樣是有效的允許合理的嘗試去分離活病毒的。但是石正麗仍然聲稱沒有進行過任何的病毒分離。

1.2 其它的RaTG13可疑點

A. 整個RaBtCoV/4991的基因測序不會延遲到2020年

石正麗壹直對SARS-like蝙蝠冠狀病毒非常感興趣,如果類SARS的冠狀病毒和礦工的死相關,石正麗的團隊不會僅僅對RdRp 的440-bp 部分進行測序,而不對刺突基因的RBM(受體模型)部分進行測序。不過石正麗團隊也嘗試過對刺突基因進行測序,但是由於樣本實在太少了,所以停止了。

既然樣本實在太少了,而石正麗以及她的同事又強烈指出完整的測序是在2020年完成的,實在前後自相矛盾。

但是在2020年6月,在數據庫裏發現2017、2018年石正麗已經做了RaTG13的實驗以及測序,這壹點石正麗在自然雜誌的訪問時也已經承認。

B. 根據報告的序列,RaTG13有壹個顯著的RBM,因此石正麗的團隊不太有理由延遲到2020年才發布。

SARS-likeβ冠狀病毒的刺突基因的RBM是專門負責結合ACE2受體,和決定感染人類的能力的。RaTG13的RBM不僅是完整的,且在五個作為結合ACE2受體的關鍵殘留物的保存上是完整的(上圖標紅色處),在472位置上,RaTG13是唯壹壹個跟SARS壹樣都為L殘留物,但是兩個相似的冠狀病毒(Rs3367 and SHC014)已經發布在2013年的自然雜誌上,另外存在巨大的溝且在關鍵結合ACE2的關鍵點空缺的在上圖最底下的病毒卻被石正麗於2013到2018年發布在其它頂級病毒雜誌。因此,如果RaTG13從2018年就開始是可用的,那是不存在被閑置兩年,卻沒有發布的情況的,因為RaTG13是跟礦工在2012年的死有可能的聯系的,且它有壹個值得引起警惕的類SARS的RBM。

C. 且RaTG13被石正麗報告後,並沒有後續工作。

1.3 基因證據證明RaTG13來自自然非真實

通過對比兩個病毒在基因上的相同和不同的突變,現在是用兩組病毒來進行對比,第壹對就是兩個冠狀病毒ZC45和ZXC21。第二對是SARS-CoV-2 和RaTG13、ZC45 和ZXC21和 SARS-CoV-2共享89%的基因序列,同時這兩個也是SARS-CoV-2和RaTG13最近的親屬,另外ZC45和ZXC21有97%相似,而SARS-CoV-2和RaTG13 96%相似,且通過序列對比,在第壹對上,曲線是平滑的,且擁有高序列特征,如下圖。

下圖是相同性的對比(相同的綠色,不同的紅色)分析。

得出來的結論如下:

ProteinZC45 vs. ZXC21SARS-CoV-2 vs. RaTG13
S25.4:144.0:1
Spike5.5:15.4:1
Orf1a2.7:15.0:1
Orf1b7.1:110.8:1
N4.3:16.8:1

ZC45和ZXC21的刺突基因,相同與不同的比率為5.5:1 (圖4A左94相同和17不同). 兩條曲線是同步平滑進行的,這些特征表明,在壹定範圍內,是Bβ冠狀病毒的隨機進化,對比SARS-CoV-2 和RaTG13刺突基因,雖然相同與不同的比率為5.4:1 (圖4A左 221相同和41不同),但是兩條曲線並沒有同步平滑進行,在序列的第二部分,在700個密碼子的寬度內,不相同的曲線是平行的,而相同的曲線是不斷地往上走的。

而S2在ZC45和ZXC21之間,(27相同和5不同),輸出5.4:1;在SARS-CoV-2和RaTG13之間, (88相同和2不同),輸出44:1。相對比S和其它病毒蛋白質類(Orf1a,Orf1b, and N),S2的比率是明顯不同的。實際上Orf1b是被認為在冠狀病毒中最穩定的蛋白質,但是它的相同與不同比率為10.8:1,而在SARS-CoV-2和RaTG13之間S2的比率卻達到了44:1。

20個隨機挑選的SARS-CoV-2序列顯示S2是在壹個積極的挑選而非精致的挑選,在過去的8個月人傳人的傳播中。觀察這20個SARS-CoV-2隔離物,氨基酸突變可以在S2的五個不同地方被觀察到。

另外,最近有壹份研究分析2,954SARS-CoV-2的密碼子提示25個不同的地方在S2的蛋白質上有突變。進壹步證明氨基酸突變有發生在S2上,所以在自然進化的原則下,出現44:1的比率在S2上是奇怪的。

因此SARS-CoV-2和RaTG13之間,要麽壹個為真,壹個為假,或者兩個都為假,考慮到SARS-CoV-2出現在前,且是物理存在的,因為RaTG13應為假的。

很有可能RaTG13的序列是通過編輯SARS-CoV-2序列來偽裝,從而達到96.2%序列特征,在這個過程中,很多編輯是要對S1的RBM進行的。因為被編譯的RBM決定了與ACE2的反應,RBM如果與SARS-CoV-2太相似會比較麻煩。因為第壹RaTG13會被認為是功能增強性研究的產物,第二它沒有留下空間給中間載體,RBM需要通過這樣的載體去適應壹個ACE2受體和ACE2同源的環境,另外對RBM的序列的編輯也可以反而讓RaTG13顯得好像與SARS-CoV-2壹樣有效地傳染人類,提高實驗室泄漏的可能性,為了增強這種考慮,很多不同的突變被引進到了RBM中。

更重要的是,過多的同樣不同樣的分析被使用,使得超過ORF/protein水平線,同時為了編輯RBM,專家引進了很多操作,為了保持壹個合理同樣不同樣的比率,為了達到這個目的,專家必須在S2刺突蛋白嚴格的限制不同樣的數量,導致最後以壹條平行線結束。

1.4 RaTG13的RBD不能有效地感染馬蹄蝙蝠的ACE2

1.5 造假流程的結論和假設

很顯然,在序列造假的過程中,RaBtCoV/4991公開發表的短RdRp部分已經遺傳給RaTG13,通過這種方式,他們可以宣稱RaTG13就是根據記錄在2013被發現的RaBtCoV/4991,而且根據之前的報告,RaTG13的偽造應該是早就已經計劃好的,且伴隨著SARS-CoV-2的實驗室產生。

這種方式也是安全的。因為除了短RdRp部分,RaBtCoV/4991其它部分的序列從來沒有被發表過。RaBtCoV/4991擁有在另外的層面讓他們應對懷疑與質詢的功能。構造與RaBtCoV/4991同源的440-bp RdRp,剩下RaTG13部分很可能是通過編輯SARS-CoV-2的序列完成的,壹旦基因序列完成了,DNA碎片會被綜合起來,然後成為PCR的樣本,增加的DNA會和其它特定的序列混合在壹起讓人產生這種樣本是純自然的感覺,然後,這個樣本會被送去測序,這樣RaTG13的基因組就產生了。

1.6 墨江礦工通道假設是有瑕疵的

第壹、引起礦工疾病的病毒病原體並不能被定義或者確認。另外關於冠狀病毒引起的肺炎的臨床診斷的兩個標準分別是活體檢查以及解剖。這兩個均是失敗的。

第二、礦工的抗體測試並不支持SARS或者類SARS冠狀病毒感染。

第三、如果SARS-CoV-2在2012年已經存在於礦工的身體上,那當時就應該引起大流行病了。

第四、很有可能因為貧瘠的樣本數量,當RNA基因腐爛時,所以沒有壹個完整RaBtCoV/4991的基因序列、還有非常高的可能性就是實際的 RaBtCoV/4991 virus和SARS-CoV-2是沒有同源性的。

第五、不可能通過和主細胞的E蛋白的基因編碼重組,病毒的刺突蛋白能在S1/S2間接收壹個獨特的酶切入點。

第六、如果SARS-CoV-2確實是來自礦工的RaBtCoV/4991,就沒有必要再編出那麽多冠狀病毒來營造壹種病毒來自自然的可能。 

最後正如在早前報告所說,基因的人為編輯是SARS-CoV-2的壹段歷史。

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