COVID-19自然起源說和閆氏合成說的比較研究

作者:美東香草山農場寫作組 文若

解讀

可以把下面一段話當作是一場法庭辯論的過程,正方反方各自擺出證據來,讀者就當陪審團自行判斷。

【背景知識】分子生物學的中心法則:從基因到功能性蛋白質(源代碼Source Code 到目標代碼Binary Code),遺傳密碼ATCG排列到23種氨基酸的對應關係,氨基酸聚合成蛋白質,執行生物學功能。病毒的致病性可以通過對其基因組的分析得到解釋。以下兩種方法,都是基於這個思路。

圖0

【自然起源说】中纪委网站上引用 Nature Medicine三月份线上发表的文章,比较了6种冠状病毒的基因组,COVID-19 的致病病毒 SARS Cov 2 最显著的特点是膜受体结合区域S2多出来4个氨基酸 PRRA(见图1)。这一段序列在其余5种病毒都没有发现。作者认为,如果人工合成,就需要进行序列设计优化,而优化的结果不会出现氨基酸序列PRRA;因为实验中观察到了这个序列,所以证明不是人工合成,只能是天然产物(见图1)。

圖1

再來梳理一遍作者在圖2中的邏輯鏈條,一共有三個步驟:第一,如果存在人工合成,一定要進行最優化設計;第二,如果最優化,一定會觀察到特定的氨基酸序列;第三,因為沒有觀察到那個特定的序列,所以可以否定第一步的假設人工合成,所以人工合成的反面結論為真,也就是自然起源。這個推導過程中,第一步和第二步的假設很勉強,不見得人工合成一定需要最優化序列,可以選擇一個簡單的辦法先作一個 proof of concept。但該文經過兩步假設,拿出了一個不得已而為之的結論,因為不知所以然,只好說是自然起源,而且宣稱不可能在實驗室產生。

圖2

【閆氏人工合成說】不需要自然起源說推諉給自然的那些步驟,多出來的四個氨基酸PRRA的引入可以是成熟的分子克隆技術引入,並且留下了限制性內切酶FauI作用位點,這等於在切過水果以後通過刀痕來確定使用的水果刀(見圖3)。合成完整病毒的全部實驗可以在大約半年內完成。

圖3

【結論】我們現在再看看兩個截然不同的關於這個病毒起源的“假說”。

1. 自然起源說不清道不明的多餘4個氨基酸,推給自然吧,實驗室做夢也做不出來。

2. 閆氏合成說正好可以輕鬆解釋,而且給出了可行的合成完整病毒的詳細方法。

聰明的讀者會選擇什麼?

參考資料:

【圖0】分子生物學的中心法則 Central Dogma, from Wikipedia

【圖1,圖2】Andersen, K.G., Rambaut, A., Lipkin, W.I., Holmes, E.C. & Garry, R.F. The proximal origin of SARSCoV-2. Nat Med 26, 450-452 (2020) 

【圖3】page 13, Dr. Yan’s paper

0
0 則留言
Inline Feedbacks
View all comments