奎伊博士论证SARS-CoV-2来自实验室制造

编撰:peacelv

世界知名科学家奎伊博士发布论文,证明中共病毒源于实验室。 193页的论文以病毒98.8%源于自然的无罪假定为起点,通过对26个公开发布的证据(包括“弗林酶切位点”等)的全面详尽的贝叶斯分析,得出结论,病毒源于实验室的概率高达99.8%。

  1. 没有中间宿主

在之前的两个人类冠状病毒大流行时,明显是有中间宿主或者接近的宿主存在的特征。2003年SARS时,人们花了四个月的时间,知道中间宿主是一种猫科动物。2015年MERS时,人们花了九个月的时间,了解到中间宿主是骆驼。而如今 SARS-COV-2在爆发后的十二个月,我们却仍然还没有找到中间宿主。

  • S蛋白正常是慢慢适应解锁人类细胞,而CoV-2一开始就很完美。

正常来自自然的病毒会有一个特征:S蛋白会有一个逐渐的改变和适应的过程来解锁人类细胞,从而感染人体。例如SARS-CoV-1的S蛋白低于1/3的改变而造成大流行病。但是CoV-2病毒,一开始S蛋白用了99.5%的氨基酸就对人体解锁适应得非常完美。

  • S1/S2 接入点

CoV-2病毒独特之处就是它需要一个主酵素叫furin去激活位于S1/S2处的一个洞口。 但没有任何同一族谱内的其他冠状病毒有同样的称之为furin蛋白酶的切入点,其他冠状病毒是在S1/S2点下游的一个称为S’站点的位置被切割的。

  • CGG-CGG密码子
当科学家将二聚精氨酸密码子接入到冠状病毒时,他们总是会用这对密码子CGG-CGG,但是在自然中的冠状病毒很少会用这对密码子。举个例子,在58个轮状病毒的580000个密码子中,唯一包含CGG对的只有CoV-2,其它的57个轮状病毒没有不含有这对。 所以自然中就没有可能furin蛋白酶切入点可以通过重组引入到CoV-2,CoV-2中包含的furin蛋白酶切入点包括的特定基因序列被用来编码自然界中的任何事物,在自然界中没有存在这样的例子。
  • 在RaTG13和SARS-CoV-2的S蛋白可替代分岐包含一种不可能的同义突变以及非同义突变模式

SARS-CoV-2的S蛋白的组成部分如下:

基本替代样式的同义以及非同义替代当比较RaTG13和SARS-CoV-2从aa 541 到 1273的a 733蛋白序列代表了60%的SP基因。

如下表罗列的,当比较RaTG13和SARS-CoV-2的S蛋白,不包括PBCS,只有三个替代(红色标的)和PBCS(蓝色标的),氨基酸序列是99.6%相同的。

考虑到这733氨基酸序列的高同一性(除了PBCS切入点外)和典型的冠状病毒大要3到5个同义突变对应1个非同义突变,可以预料到SARS-CoV-2和RaTG13该区域的核苷酸的对比将也会显示一个极相同的序列。

事实上,当SARS-CoV-2的23,183-25,384序列和RaTG13的23,165-25,354序列对比时,相应的基因序列达到99.6%同一蛋白序列,但是核苷酸序列却是94.2% 相同,122个同义突变,以及3个非同义突变。

将SARS-CoV-2和RaTG13(如下表)13个另外的蛋白编码区域进行对比后显示总体同义突变与非同义突变的比率为549:109,大概在5.0

除了S蛋白和pp1ab基因的异常碱基取代片段(ABSS)外,其它部分的S/SN 替代比率是和文献提及的冠状病毒的值一致的。ABSS的p值在另一方面来说,是异常的高,在<0.0000001的范围内,这个强烈显示出这个基本取代片段的非自然属于,这样一个结果是违反某些未知的生物学机制。
第二个异常的高序列是pp1ab基因,它是S蛋白区域五倍多,这样也是不可能自然发生的,大概在10亿分之一的机会。
下面表格显示RaTG13和SARS-CoV-2的基因同一性,总共220同义突变但是没有任何一个单一的非同义突变。
  • RaTG13不像能通过ACE2感染人体细胞。

不幸运的是RaTG13样本不会被尝试于中华犀牛或者在武汉实验室产生或者管理的永生细胞:肾脏原发细胞、肺原发细胞、肺永生细胞、或者大脑永生细胞和心脏永生细胞。但是需要被记住的是一个人工合成的RaTG13被报道不会通过表达中华犀牛ACE2感染人体细胞,可能提供了RaTG13并不是在野蝙蝠间的可行的冠状病毒。

  1. 在公开报纸以及采访中有关2013(RaBtCoV/4991)和RaTG13的来源样本上的来源以及测序历史存在不一致。打个比方说,RaTG13和SARS-Cov-2的亲近关系拥有一个RdRp病毒序列的高同源性,病毒的序列是在2020被完整基因测序,或者是在2018年做了完整基因测序的。现在公开的可用的在2017年到2018年间的RaTG13是一组33次反测序基因,但是只覆盖了80%的整个基因。在科学杂志中,石博士说RaTG的样本是在2018年测序的,不过如果这是真的,那在自然杂志中提及的RNA测序就不会放到2020年才操作。

在这一次,武汉实验室没有完全满足自然杂志的要求,给予来自他们的开创性论文的基本和序列,而且这些数据应该立即被公开。

  •  RaTG13被报道已经被隔离的样本是一个蝙蝠粪便样本,包含有真核生物、细菌、病毒,跟一组来自武汉病毒研究所的九个蝙蝠粪便样本完全不一样,这种真实的粪便样本的组成的可能性是1/10000000,极低的可能性。
    • 通过RaTG13样本检查,它包括各种各样的蝙蝠遗传物质,一些并不是中国本地的,也有一些没有预料的物种,例如土拨鼠和赤狐。它也包括3%灵长类动物序列,和VERO细胞污染。我认为这个样本很可能要么是来自一种标签错误的物种,但是我不能想象的某种物种,或者这是在实验室里合成的。
    •  反序数据和RNA序列数据在方法依赖的序列不同是大概在5%或者高于50次,作为一个技术错误的机率为0.1%。这是一个需要被关注的实验质量事件,但是到这今天为止仍没有任何解释. 另外没有组装方法被提供过在至少两个空隙上,大概60Nt,很容易被标识出来。
    • 根据报道发现的在S蛋白以及pp1ab间的SARS-CoV-2和RaTG13的同义突变的突变漂移,从来未被在自然界发现,只有少于1/10000000或者1/10亿的发生可能性。通过密码子增强或者优化产生这种非自然的S/SN样式的示范,一些基于实验室的人工生物技术形式在aTG13,SARS-CoV-2,或者两者上执行。

显然地,据称地RaTG13的来源整个样本在之前的测序实验以及严格的调查中,已经显示在过去的任何时间内没有任何病毒已经被隔离或者来源于那个样本。考虑到在这篇文章里表现出来的违规以及异常,所以提及RaTG13的数据应该谨慎地被列为疑似。因此,依赖于论文的SARS-CoV-2通过自然机制来源于蝙蝠应该重新被检查以及质问。

  • 第一个被记录的大爆发样例,基于贝叶斯分析,也增加了实验室来源的可能性。

两种竞争性的关于SARS-CoV-2的起源的假设包括自然,人畜共患性的外泄事件以及从实验室获得感染或者其它实验室意外事件从大爆发开始都有支持的证据。

一方面,大概40%的早期COVID-19病人都有武汉华南海鲜市场接触史,而相对SARS-CoV-1贩卖狸猫的市场被确认为人类流行的起源,自然起源假说似乎合乎逻辑。但是中国CDC现在已经不将市场列为大爆发的源头了。
另一方面,实验室起源假设是伴随一个早期的事实,就是爆发开始接近于中国唯一的高安全,BSL-4实验室,也是全世界顶尖的一个冠状病毒研究所中心,也就是武汉病毒研究所。第一个COVID病人所在的医院非常接近于WIV。
这个来源于文章的证据描述应用了贝叶斯分析支持了SARS-CoV-2的近端来源是一个不可控制的实验室泄漏。
应用了这些假设后,来源于实验室的可能性的初始值变更为4.9%。
  • 可能性
武汉病毒研究所已经公开披露在2017年它已经发展了收集冠状病毒系统性编辑RBD去增加结合或者转移人畜共患的向性和传播,插入一个furin位去允许人类细胞感染,制作嵌合体和合成病毒,在人源化小鼠做实验,优化ORF8增强人体细胞死亡率。
这样的证据对于来源于实验室的假设是必须的,因为基因操纵产生CoV-2对实验室事故是一个前提,但是它没有对实验室来源学说提供更多的权重。但是不管怎么说,在这里它提供了一个为各种各样可操作的调查提供了一个指向,如果能接近曾经被提供过的WIV记录。
  • furin切入点来源于实验室的证据

冠状病毒RaTG13有两个稀有的Esp3I限制位点,战略性位于允许基因序S蛋白的独特设置的编码,它的接收结合联系氨基酸和它的furin切入点,用了‘No See ‘Em’合成生物技术。

特殊的合成生物实验技术已经被武汉病毒实验室的科学家成功用于增加冠状病毒感染率。

两个点位同时出现并位于RaTG13准确的位置是来源于自然的可能性为1/10亿。

相关链接:

https://zenodo.org/record/4477081#
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我是1,小一
3 月 之前

加油💪

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