RaTG13为什么是伪造的蝙蝠冠状病毒

  • 编辑:Victor Torres
  • 作者:peacelv

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西班牙2021年1月30日电/西喜社——证据证明RaTG13是伪造的,且不存在于自然之中。没有活的病毒和全基因组RaTG13被分离出来。

1.1 GenBank上传的RaTG13序列是可以被伪造的。

图1.冠状类病毒的基因测序和基因序列组装的步骤说明。A为正常的测序和组装流程。B为伪造病毒基因序列可能的相关步骤,通过先创建基因序列,然后以此取得相应的原始测序片段。NGS:高通量测序,亦称为下一代测序。

A. 粪便试剂的机读序列很多是真核序列,这跟绝大多数的粪便试剂样板不一样。

并且在机读出来的真核序列中30%并非来自蝙蝠,而是来自各种不同的动物,例如狐狸、果蝠、松鼠等。这样显示RaTG13的原始序列不是通过正常的手段如1中所指的方式获取的。

B. 从石正丽公开发布的论文中,粪便试剂样本是大概1ml的病毒传递培养基和清液,大概140ul的清液出产出60ul的RNA,每一次的RT-PCR反应需要大概5ulRNA,因此1ml可以进行(1000/140)*60/5=86,也就是起码可以有80次的反应。

这样的数量是有效的支持测序以及另外的PCR填充的。因此也同样是有效的允许合理的尝试去分离活病毒的。但是石正丽仍然声称没有进行过任何的病毒分离。

1.2其它的RaTG13可疑点

A. 整个RaBtCoV/4991的基因测序不会延迟到2020年

石正丽一直对SARS-like蝙蝠冠状病毒非常感兴趣,如果类SARS的冠状病毒和矿工的死相关,石正丽的团队不会仅仅对RdRp 的440-bp 部分进行测序,而不对刺突基因的RBM(受体模型)部分进行测序。不过石正丽团队也尝试过对刺突基因进行测序,但是由于样本实在太少了,所以停止了。

既然样本实在太少了,而石正丽以及她的同事又强烈指出完整的测序是在2020年完成的,实在前后自相矛盾。

但是在2020年6月,在数据库里发现2017、2018年石正丽已经做了RaTG13的实验以及测序,这一点石正丽在自然杂志的访问时也已经承认。

B. 根据报告的序列,RaTG13有一个显著的RBM,因此石正丽的团队不太有理由延迟到2020年才发布。

SARS-likeβ冠状病毒的刺突基因的RBM是专门负责结合ACE2受体,和决定感染人类的能力的。RaTG13的RBM不仅是完整的,且在五个作为结合ACE2受体的关键残留物的保存上是完整的(上图标红色处),在472位置上,RaTG13是唯一一个跟SARS一样都为L残留物,但是两个相似的冠状病毒(Rs3367 and SHC014)已经发布在2013年的自然杂志上,另外存在巨大的沟且在关键结合ACE2的关键点空缺的在上图最底下的病毒却被石正丽于2013到2018年发布在其它顶级病毒杂志。因此,如果RaTG13从2018年就开始是可用的,那是不存在被闲置两年,却没有发布的情况的,因为RaTG13是跟矿工在2012年的死有可能的联系的,且它有一个值得引起警惕的类SARS的RBM。

C. 且RaTG13被石正丽报告后,并没有后续工作。

1.3基因证据证明RaTG13来自自然非真实

通过对比两个病毒在基因上的相同和不同的突变,现在是用两组病毒来进行对比,第一对就是两个冠状病毒ZC45和ZXC21。第二对是SARS-CoV-2 和RaTG13、ZC45 和ZXC21和 SARS-CoV-2共享89%的基因序列,同时这两个也是SARS-CoV-2和RaTG13最近的亲属,另外ZC45和ZXC21有97%相似,而SARS-CoV-2和RaTG13 96%相似,且通过序列对比,在第一对上,曲线是平滑的,且拥有高序列特征,如下图。

下图是相同性的对比(相同的绿色,不同的红色)分析。

得出来的结论如下:

ProteinZC45 vs. ZXC21SARS-CoV-2 vs. RaTG13
S25.4:144.0:1
Spike5.5:15.4:1
Orf1a2.7:15.0:1
Orf1b7.1:110.8:1
N4.3:16.8:1

ZC45和ZXC21的刺突基因,相同与不同的比率为5.5:1 (图4A左94相同和17不同). 两条曲线是同步平滑进行的,这些特征表明,在一定范围内,是Bβ冠状病毒的随机进化,对比SARS-CoV-2 和RaTG13刺突基因,虽然相同与不同的比率为5.4:1 (图4A左 221相同和41不同),但是两条曲线并没有同步平滑进行,在序列的第二部分,在700个密码子的宽度内,不相同的曲线是平行的,而相同的曲线是不断地往上走的。

而S2在ZC45和ZXC21之间,(27相同和5不同),输出5.4:1;在SARS-CoV-2和RaTG13之间, (88相同和2不同),输出44:1。相对比S和其它病毒蛋白质类(Orf1a,Orf1b, and N),S2的比率是明显不同的。实际上Orf1b是被认为在冠状病毒中最稳定的蛋白质,但是它的相同与不同比率为10.8:1,而在SARS-CoV-2和RaTG13之间S2的比率却达到了44:1。

20个随机挑选的SARS-CoV-2序列显示S2是在一个积极的挑选而非精致的挑选,在过去的8个月人传人的传播中。观察这20个SARS-CoV-2隔离物,氨基酸突变可以在S2的五个不同地方被观察到。

另外,最近有一份研究分析2,954SARS-CoV-2的密码子提示25个不同的地方在S2的蛋白质上有突变。进一步证明氨基酸突变有发生在S2上,所以在自然进化的原则下,出现44:1的比率在S2上是奇怪的。

因此SARS-CoV-2和RaTG13之间,要么一个为真,一个为假,或者两个都为假,考虑到SARS-CoV-2出现在前,且是物理存在的,因为RaTG13应为假的。

很有可能RaTG13的序列是通过编辑SARS-CoV-2序列来伪装,从而达到96.2%序列特征,在这个过程中,很多编辑是要对S1的RBM进行的。因为被编译的RBM决定了与ACE2的反应,RBM如果与SARS-CoV-2太相似会比较麻烦。因为第一RaTG13会被认为是功能增强性研究的产物,第二它没有留下空间给中间载体,RBM需要通过这样的载体去适应一个ACE2受体和ACE2同源的环境,另外对RBM的序列的编辑也可以反而让RaTG13显得好像与SARS-CoV-2一样有效地传染人类,提高实验室泄漏的可能性,为了增强这种考虑,很多不同的突变被引进到了RBM中。

更重要的是,过多的同样不同样的分析被使用,使得超过ORF/protein水平线,同时为了编辑RBM,专家引进了很多操作,为了保持一个合理同样不同样的比率,为了达到这个目的,专家必须在S2刺突蛋白严格的限制不同样的数量,导致最后以一条平行线结束。

1.4RaTG13的RBD不能有效地感染马蹄蝙蝠的ACE2

1.5造假流程的结论和假设

很显然,在序列造假的过程中,RaBtCoV/4991公开发表的短RdRp部分已经遗传给RaTG13,通过这种方式,他们可以宣称RaTG13就是根据记录在2013被发现的RaBtCoV/4991,而且根据之前的报告,RaTG13的伪造应该是早就已经计划好的,且伴随着SARS-CoV-2的实验室产生。

这种方式也是安全的。因为除了短RdRp部分,RaBtCoV/4991其它部分的序列从来没有被发表过。RaBtCoV/4991拥有在另外的层面让他们应对怀疑与质询的功能。构造与RaBtCoV/4991同源的440-bp RdRp,剩下RaTG13部分很可能是通过编辑SARS-CoV-2的序列完成的,一旦基因序列完成了,DNA碎片会被综合起来,然后成为PCR的样本,增加的DNA会和其它特定的序列混合在一起让人产生这种样本是纯自然的感觉,然后,这个样本会被送去测序,这样RaTG13的基因组就产生了。

1.6墨江矿工通道假设是有瑕疵的

第一、引起矿工疾病的病毒病原体并不能被定义或者确认。另外关于冠状病毒引起的肺炎的临床诊断的两个标准分别是活体检查以及解剖。这两个均是失败的。

第二、矿工的抗体测试并不支持SARS或者类SARS冠状病毒感染。

第三、如果SARS-CoV-2在2012年已经存在于矿工的身体上,那当时就应该引起大流行病了。

第四、很有可能因为贫瘠的样本数量,当RNA基因腐烂时,所以没有一个完整RaBtCoV/4991的基因序列、还有非常高的可能性就是实际的 RaBtCoV/4991 virus和SARS-CoV-2是没有同源性的。

第五、不可能通过和主细胞的E蛋白的基因编码重组,病毒的刺突蛋白能在S1/S2间接收一个独特的酶切入点。

第六、如果SARS-CoV-2确实是来自矿工的RaBtCoV/4991,就没有必要再编出那么多冠状病毒来营造一种病毒来自自然的可能。 

最后正如在早前报告所说,基因的人为编辑是SARS-CoV-2的一段历史。

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